Una caja hundida es un contenedor infrecuente que tiene recompensas valiosas. Puedes usar la grúa para recuperarla del fondo del mar en el puerto y luego limpiarla en tu base con un baño de ácido. Para conseguir una llave de grúa, debes completar contratos de envío en el edificio del puerto. Tienes que preparar paquetes para los contratos en la ensambladora de cajas usando determinados recursos de las recetas de la mesa de empaquetado.
Los contratos se realizan en el terminal que hay en la parte central del edificio principal. Con cada entrega completada, tu reputación con Génesis aumentará y recibirás recompensas, como una llave de grúa, piezas, espacios adicionales para entregas y más. El nivel de tus recompensas depende de tu nivel de reputación. Puedes ver el progreso de tu reputación si acudes a Jake en la zona de montaje de cargamentos.
Cuando consigas una llave de grúa, ve al muelle e introdúcela en una ranura especial de la grúa. Tras hacerlo, elevarás la caja hundida desde el fondo del mar.
Para llevarla a la base, tienes que ir al puerto en moto y cargar la caja en el baúl. Cuando vuelvas a tu base, tienes que llevar la caja al baño de ácido. También tienes que instalar un filtro de aire en el baño y añadir ácido, lo que iniciará el proceso de limpieza. Solo podrás abrir la caja y reclamar tus recompensas cuando la limpieza haya terminado.