Una caja infectada es un contenedor infrecuente que tiene contenido valioso. Tienes una pequeña probabilidad de obtenerla en una ubicación especial cuyas coordenadas se indican en un disquete.
Puedes conseguir disquetes con coordenadas en el primer piso del búnker si aumentas el nivel de reputación de tu especialista llenando su barra a cambio de chapas de identificación, galones y cuadernos militares. Puedes obtener estos objetos en el modo difícil si activas el protocolo en el búnker.
También puedes conseguir disquetes en el modo normal. Consigues un disquete al alcanzar un determinado nivel de reputación con el oficial que hay en la misma sala a cambio de los cupones verdes, amarillos y rojos que te sobren.
Cuando consigas el disquete con coordenadas, introdúcelo en el terminal que hay en la sala del supervisor en el primer piso del búnker Alfa. Después de eso, aparecerá una ubicación temporal en el mapa global. En ella podrías encontrar una caja infectada con botín de calidad: armas, protección, recursos infrecuentes y componentes. El contenido de la caja infectada puede cambiar en función de tu nivel de reputación con el supervisor. Al aumentar tu reputación, aumentas tus probabilidades de obtener una recompensa más infrecuente.
Cabe destacar que, en la mayoría de los casos, la ubicación contendrá una caja militar común con recursos. Sin embargo, a veces aparece una caja infectada en su lugar. No es posible abrir ese tipo de cajas al instante, sino que hay que llevarla a la base y limpiarla en el baño de ácido. Para llevar la caja infectada a la base, tienes que llegar a la ubicación de las coordenadas en moto y cargarla en el baúl. Cuando vuelvas a la base, tienes que colocar la caja en el baño de ácido. También tienes que instalar un filtro de aire en el baño y añadir ácido, lo que iniciará el proceso de limpieza. Solo podrás abrir la caja y obtener tus recompensas cuando la limpieza haya terminado.