A caixa submersa é um contêiner raro com recompensas valiosas que pode ser recuperado do fundo do mar no porto usando a grua. Para obter uma chave da grua, você deve concluir contratos de entrega no prédio do porto. Você precisa montar pacotes para os contratos no montador de caixas usando certos recursos das receitas da mesa de empacotamento.
Os contratos são firmados através do terminal na parte central do prédio principal. A cada entrega concluída, sua Reputação Genesis aumenta e você recebe recompensas, como uma chave da grua, peças, espaços extras para entrega e muito mais. O nível das suas recompensas depende do seu nível de reputação. Você pode ver seu progresso de reputação com o Jake na área de montagem de carga.
Quando você conseguir uma chave da grua, vá para o cais e insira-a em um espaço especial na grua. Depois disso, a caixa submersa será erguida do fundo do mar.
Para entregá-la na base, você precisa ir ao porto de motocicleta e colocar a caixa no baú. Quando você voltar para a sua base, terá que levar a caixa até a serra circular. 

                               
Atenção! Você precisa colocar a caixa submersa na serra circular assim que a trouxer para a sua base. Se você não fizer isso, em algumas horas a caixa se transformará em uma pilha de sucata que atrairá uma horda de zumbis, e você não poderá mais obter o valioso conteúdo da caixa.